Game Boy Advance以后，在任天堂系列掌机上发售的系列。全部皆为独立作品，并没有故事上的联系。主要销售对象为年轻人。开发公司为エーアイ。
掌机系列
- 第一作
- 超级机器人大战A GBA （已通关）
- 超级机器人大战A FOMA900ix 2006年2月6日 移植版
- 超级机器人大战A 便携版 PSP 移植版
- 第二作
- 超级机器人大战R GBA（已通关）
- 超级机器人大战R FOMA900ix 2007年12月17日 移植版
- 第三作
- 超级机器人大战D GBA （已通关） 100%简体中文版汉化ROM下载 游戏隐藏要素秘籍 超级机器人大战D-过关后小游戏攻略
- 第四作
- 超级机器人大战J GBA（进行中）
- 第五作
- 超级机器人大战W NDS
- 第六作
- 超级机器人大战K NDS
- 第七作
- 超级机器人大战L NDS
- 第八作
- 超级机器人大战UX 3DS
- 第九作
- 超级机器人大战BX 3DS